鈴を鳴らす。手を叩く。は、神様を呼び出すためとも聞いたことがありましたので、手を叩く前に祈願しても神様が出てきていないのに祈願しても意味がないかと思いましたのでお尋ねさせていただきました。
正式には、やはり先に二礼二拍手一礼でしょうか？

一つの作法として、
○「玉串を奉(たてまつ)りて拝礼」の時に玉串を奉る時に祈念をして奉りて２礼２拍手一礼をする作法があります。
○次、玉串を奉りて、２礼２拍手の次に祈念をして最後に一拝をする作法も有ります。
これが一般的作法になっていると思います。
つまり、「２礼２拍手祈念１礼」です。

※拍手を神様を呼ぶ為、又は敬礼作法、又は音によるお祓いのいづれを考えても
　拍手の後に祈念するのが良いと思います。